Ученые из Научно-исследовательского института биологии сельскохозяйственных животных (FBN) в Думмерсторфе в сотрудничестве с международными партнерами расшифровали геном африканского сома (Clarias gariepinus). Исследование, недавно опубликованное в журнале Scientific Data, представляет собой важную веху в генетических исследованиях в животноводстве и аквакультуре.
В текущем исследовании была выполнена гаплотипически-разрешенная, почти полная (T2T, "теломера-в-теломеру") сборка генома, которая представляет 99,96% генома. Это позволяет анализировать унаследованные родительские хромосомы независимо друг от друга, что особенно важно для понимания генетического разнообразия. Геном африканского сома включает приблизительно 969,62 млн пар оснований, а его диплоидный набор хромосом состоит из 56 хромосом.
Рабочая группа по генетике рыб в FBN полностью секвенировала референтный геном африканского сома. Автор: Голдаммер/FBN.
«Расшифровка генома не только позволяет нам и дальше совершенствовать разведение и содержание африканского сома в аквакультуре, но и дает ценную информацию об эволюционной биологии рыб, - говорит профессор, доктор Том Голдаммер, руководитель рабочей группы по генетике рыб в FBN. - Благодаря нашему исследованию мы сделали большой шаг на пути к дальнейшему изучению этого интереснейшего вида. Эти данные являются ценным инструментом для будущих исследований и будут предоставлены научному сообществу во всем мире».
Африканский сом особенно легко адаптируется и, в дополнение к жаберному дыханию, также развил способность использовать кислород из воздуха. Теперь идентифицированы 50 генов, которые контролируют этот механизм, что может еще больше продвинуть эволюционные исследования и открыть захватывающие исследовательские подходы к этой физиологической особенности.
На основе референтного генома судака команда FBN создала базовую предпосылку для современных подходов к разведению этого вида, а также клариевого сома, еще одного экономически значимого вида рыб для аквакультуры.
В Германии, например, компания Nutrition & Food GmbH в Мекленбурге-Передней Померании производит около 500 тонн клариевого сома каждый год для коммерческих кухонь, больниц, школ и ресторанов. Полученные знания помогут улучшить благополучие рыб в фермерских хозяйствах по разведению африканского сома и сократить выбросы в процессе производства в будущем.
Источник: Forschungsinstitut für Nutztierbiologie (FBN). Автор: Аня Томанек.
