Современные методы селекции деревьев и кустарников имеют первостепенное значение для достижения улучшенного качества в соответствии с запросами глобальной повестки – засухоустойчивость, способность лучше противостоять вредителям и болезням и так далее. Разворачивая схемы особых признаков, требующих инновационных систем оценки и отбора, молекулярной генетики и геномики, генетического управления, ФНЦ агроэкологии РАН предоставляет своим исследователям передовое оборудование.
Программы селекции деревьев и кустарников создают генетически улучшенные сорта для разных целей, включая производственные и экологические, например, борьбу с опустыниванием.
В соответствии с соглашением № 075-15-2021-565 от 27 мая 2021 года, касающимся создания и развития селекционно-семеноводческих центров, ФНЦ агроэкологии РАН продолжает обновлять оборудование в своих лабораториях.
В лабораторию геномных и постгеномных технологий был установлен сервер, предназначенный для анализа данных NGS и их статистической обработки с применением различных программ на языках R и Python.
Сервер в первую очередь служит для постобработки сырого сигнала (бейсколинга), полученного в процессе секвенирования на платформе третьего поколения Oxford Nanopore, которая была приобретена в 2023 году в соответствии с соглашением № 075-15-2021-565 от 27 мая 2021 года, касающимся создания и развития селекционно-семеноводческих центров.
Для бейсколинга применяется самый современный инструмент на текущий момент – Dorado. Это стало возможным благодаря специализированной видеокарте NVIDIA RTX 4000 Ada Generation с 20 ГБ памяти GDDR6.
Затем осуществляется сборка и аннотирование полученных геномов и транскриптомов на сервере, что позволяет провести дальнейший статистический анализ благодаря наличию 1 ТБ оперативной памяти.
Полученные данные впоследствии применяются для оценки дифференциально экспрессируемых генов, выявления SNP-полиморфизмов, а также для анализа альтернативного сплайсинга мРНК и многих других задач.
Создание специализированного сервера для биоинформатики значительно расширит возможности селекционно-семеноводческого центра древесных и кустарниковых пород ФНЦ агроэкологии РАН и ускорит проведение научных исследований, направленных на получение сортов и пород растений с определенными хозяйственно-ценными признаками.
Источник и фото: ФНЦ агроэкологии РАН.
