Уокер изучал процессы расщепления пищи до энергии в клетках живых организмов 

Директор Данновского отдела питания человека в Медицинском исследовательком совете в Кембридже.

Джон Эрнст Уокер родился в Галифаксе и провёл детство в сельской местности. В 1964 году он окончил Колледж Святой Катерины Оксфордского университета, а в 1969 году в этом же университете сделал диссертацию по пептидным антибиотикам. После этого Уокер работал за границей: в США в Висконсинском университете в Мадисоне (1969—1971) и во Франции в Жив-сюр-Иветт и в Институте Пастера (1971—1974).

Затем Уокер вернулся в Англию, где начал работать в лаборатории молекулярной биологии Медицинского исследовательского совета, одного из важнейших исследовательских центров Великобритании. В 1978 году он стал исследовать митохондриальные мембранные белки, отвечающие за процесс энергетического обмена в клетках живых организмов: превращение питательных веществ пищи в энергию. Уокер раскрыл ферментативный характер синтеза молекул переносчиков энергии АТФ в клетке. В 1997 году Уокер получил Нобелевскую премию по химии за это открытие вместе с Полом Бойером.