Основой для классификации вироидов является определение первичной нуклеотидной последовательности. Одновременно установлено существование нескольких неклассифицированных вироидов, по разным признакам не относящиеся ни к одному из семейств.

Семейство Pospiviroidae

Семейство Pospiviroidaeполучило название по титульному вироиду Potato spindle tuber viroid – вироид веретеновидности клубней картофеля. Семейство включает 28 вироидов, принадлежащих к 5 родам:

  • Pospiviroid (стиповымвидом Potato spindle tuber viroid)
  • Hostuviroid (с типовым видом Hop stunt viroid)
  • Cocadviroid (с типовым видом Coconut cadang-cadang viroid)
  • Apscaviroid (с типовым видом Apple scar skinviroid)
  • Coleviroid (с типовым видом Coleus blumei viroid).

Вироиды семейства Pospiviroidae:

  • локализуются в ядре клетки;
  • вторичные структуры имеют вид сильно структурированных палочек;
  • рибозимной активностью не обладают, поэтому им нужен более широкий фермент клетки;
  • в синтезе белка кроме ДНК-зависимой РНК полимеразы используют эндонуклеазы;
  • реплицируются в ядре, поэтому используют ядерную ДНК-зависимую РНК полимеразу. Одновременно установлено, что присутствующая в хлоропластах пластидная ДНК-зависимая РНК полимераза вироидам она не подходит.

Семейство Avsunviroidae

Семейство Avsunviroidae получило название по титульному вироиду Avocado sun blotch viroid вироид солнечной пятнистости авокадо, включает 4 вироида, принадлежащие к трем родам:

  • Avsunviroid (с типовым видом Avocado sun blotch viroid);
  • Pelamoviroid (с типовым видом Peach latent mosaic viroid);
  • Elaviroid (с типовым видом Eggplant latent viroid).

Вироиды семейства Avsunviroidae:

  • локализованы в протопластах клетки;
  • вторичные структуры имеют определенные «выпетливания» в структуре молекулы, они являются hammerheadмотивами, обладающими рибозимной активностью (максимум активности рибозимов наблюдается при низких температурах, поскольку данные участки молекул обеспечивают низкотемпературный катализ);
  • практически все обладают рибозимной активностью;
  • в синтезе белка используют ДНК-зависимую РНК полимеразу, все остальные ферментативные реакции катализирует рибозимный участок молекулы.

(c) Справочник AgroXXI