Современная систематика бактерий характеризуется теми же проблемами, что и классификация других микроорганизмов. Несмотря на успехи, достигнутые в создании филогенетической системе классификации, сохраняет свое значение фенотипическая классификация, более удобная для идентификации организмов.В настоящее время отсутствует детализированная эволюционная система прокариот. Решение это проблемы – дело далекого будущего.

Принципы филогенетической классификации

Система классификации прокариот, основанная на сопоставлении последовательности

нуклеотидов в 16S-рРНК положена в основу многотомной энциклопедии прокариот – Руководство по систематике бактерий Берджи (Bergeys Manual of Determinative Bacteriology), первый том которой вышел в 2001 г.

Данная филогенетическая система, основанная на исследовании нуклеотидных последовательностей только одного гена рибосомной РНК – является только оной из технически удобных и разработанных систем упорядочения многочисленных организмов в целях их идентификации. Построить логически верную таксономию бактерий с учетом только этого признака практически невозможно.

В указанном труде все прокариоты делят на 26 филогенетических «ветвей» (групп) на основании строения их 16S-рРНК. В том числе 23 группы представлены эубактериями и три – архебактериями. Основная часть этих групп содержит виды прокариот, не выделенных в виде чистых культур и не изученных детально.

Из 23 групп эубактерий две представлены грамположительными бактериями, остальные группы – грамотрицательными бактериями.

Грамотрицательные бактерии

Грамотрицательные бактерии представлены крупной группой Протеобактерий (Proteobacteria) и 20 группами остальных бактерий с данным типом клеточной стенки.

Протеобактерии – чрезвычайно разнообразная в морфологическом, физиологическом и биохимическом плане группа грамотрицательных бактерий. Для ее представителей характерны все типы энергетического метаболизма и питания.

Клетки большинства видов Протеобактеррий характеризуются:

  • палочковидной, сферической или вибриоидной формой;
  • размножением путем бинарного деления (для некоторых видов – почкование и образование плодовых тел в сложном клеточном цикле).

В этой группе имеются неподвижные бактерии и подвижные за счет жгутиков. По отношению к молекулярному кислороду Протеобактерии бывают облигатными аэробами, облигатными и факультативными анаэробами. Однако на основании различий в нуклеотидных последовательностях16S-рРНК группу Протеобактерий делят на пять подгрупп:альфа, бета, гамма, дельта и эпсилон.

Кроме протеобактерий, к грамотрицательным относятся и другие группы эубактерий: водородные термофилы, зеленые серные бактерии, зеленые нитчатые бактерии, цианобактерии, цитофаги, спирохеты, бактероиды, хламидии, дейнококки, хлорофлексусы, планктомицеты, фузобактерии, термодесульфобактерии, фибробактерии.

Грамположительные бактерии

Филогенетические группы грамположительных бактерий: Actinobacteria и Firmicutes.

Группа Actinobacteria или «актиномицетная ветвь» состоит из родов, имеющих в ДНК высокое содержание ГЦ-пар: Geodermatophilus, Streptomyces, Frankia, Arthrobacter, Actinomyces, Bifidobacterium, Propionibacterium, Micrococcus, Actinoplanes,Rhodococcus, Corynebacterium, Nocardia, Mycobacterium.

Группа Firmicutesили «клостридиальная ветвь» – это в основном образом грамположительные бактерии, характеризующиеся низким содержанием ГЦ-пар в ДНК.

В группу Firmicutes входятроды: Clostridium, Pediococcus, Streptococcus, Lactococcus, Enterococcus, Listeria, Leuconostoc, Caryophanon, Sarcina, Staphylococcus, Bacillus, Sporosаrcina, Heliobacterium, Mycoplasma, Desulfotomaculum, Ureaplasma.

Архебактерии

В состав архебактерий включены три филогенетические группы: Crenarchaeota, Euryarchaeota, Korarchaeota.

Crenarchaeota – экстремально термофильные бактерии, большинство из которых осуществляют метаболизм серы, некоторые способны восстанавливать ионы железа и молибдена.

Euryarchaeota – облигатные анаэробные метаногенные архебактерии, экстремальные термофилы и галофиты.

Korarchaeota – археобактерии, обитающие в горячих серных источниках. До настоящего времени представители этой группы не выделены в чистую культуру.

(c) Справочник AgroXXI