Первая пара
Первая пара символов, применительно к вирусу табачной мозаики – это R/1, указывает на тип нуклеиновой кислоты (R– это РНК, D– ДНК) и число нитей в молекуле (1 – однонитевая, 2 – двухнитевая).
Вторая пара
Вторая пара символов, применительно к вирусу табачной мозаики – это 2/5, обозначает молекулярную массу нуклеиновой кислоты (в миллионах дальтон) и ее содержание в инфекционных единицах (в процентах).
Запись второй пары символов криптограммы вируса табачной мозаики демонстрирует, что молекулярная масса рибонуклеиновой кислоты (РНК) вириона данного вируса составляет два миллиона дальтон, а содержание нуклеиновой кислоты в вирионе – 2%. Если вирус имеет фрагментированный геном, то это так же находит отражение в криптограмме. Если разные фрагменты генома входят в состав однородных частиц, то первый символ второй пары символов обозначает общую молекулярную массу всех фрагментов. Примером может служить криптограмма вируса раневых опухолей клевера – R/2:16/22:S/S: S/Au.
Расположение фрагментов генома в частицах разного типа описывается отдельно состав частиц каждого типа. Примером служит криптограмма вируса погремковости табака – R/1:23/5 +0,6/5+1,3/5;E/E: S/Ne.
Третья пара
Третья пара символов, применительно к вирусу табачной мозаики – это E/E, характеризует форму вириона и форму капсида.
Для обозначения формы вириона и капсида принято использовать следующие символы:
- S– сферическая или близкая к сферической форма;
- E– удлиненная структура с параллельными сторонами и незакругленными концами;
- U– удлиненная форма с параллельными сторонами и закругленным одним или обоими концами;
- X– сложная или отличная от выше перечисленных форма.
В частности, согласно криптограмме, у вируса табачной мозаики вирион и капсид удлиненной структуры с параллельными сторонами и незакругленными концами (E/E).
Четвертая пара
Четвертая пара символов, применительно к вирусу табачной мозаики – это S/O. Она обозначает тип заражаемого хозяина и тип переносчика. Для обозначения типа инфицируемого организма (хозяина) применяют следующие символы:
- A– водоросли (alga);
- B– бактерии (bacterium);
- F– грибы (fungus);
- I– беспозвоночные (invertebrate);
- M– микоплазма (mycoplasma);
- P– папоротникообразные растения (pteridophyte);
- S– семенные растения (seedplans);
- V – позвоночные (vertebrate).
Обозначения типа переносчика применяют следующие символы:
- Ac – клещи (Acarina, Arachnida);
- Al – белокрылки (Aleyrodidae, Homoptera, Insecta);
- Ap – тли (Aphididae, Homoptera, Insecta);
- Au – цикадки(Cicadellidae,Insecta);
- Cc – червецы (кокциды) (Coccodea, Homoptera, Insecta);
- Cl – жуки (Coleoptera, Insecta);
- Di – мухи, комары (Diptera,Insecta);
- Fu – грибы (Fungu);
- Gy – клопы (Gymnocerata, Hemiptera)
- Ne – нематоды (Nematodes)
- Ps – псиллиды (листоблошки) (Psyllidae, Homoptera)
- Si – блохи (Siphonaptera, Insecta);
- Th– трипсы (Thysanoptera, Insecta);
- Ve– переносчик известен, но не принадлежит ни к одному из указанных выше типов;
- O– вирус распространяется без переносчика, то есть заражение осуществляется вирусом, находящимся в окружающей среде.
Таким образом, по отношению к вирусу табачной мозаики, четвертая пара символов
(S/O) расшифровывается следующим образом: заражаемые организмы-хозяева – семенные растения, вирус распространяется без переносчика. Четвертая пара символов криптограммы ВТМ может выглядеть – S/*. В этом случае хозяин – тот же, но переносчик неизвестен.
Символы, используемые во всех парах
Свойства вирусов изучены недостаточно. Для обозначения неизвестных или не подтвержденных данных о свойствах и структуре вирионов во всех четырех парах принято использовать обозначения:
- * – информация о свойстве или структуре вируса отсутствует;
- ( ) – указанные в скобках данные не подтверждены или не точны;
- [ ] – криптограмма или сведения внутри квадратных скобок характеризуют вирусную группу в целом.