Программное обеспечение dsRNAmax проектирует двухцепочечную РНК (dsRNA) для выявления видов вредителей и патогенов, исключая при этом нецелевые виды, такие как полезные насекомые, сообщает Университет Квинсленда, Австралия, в релизе.
Программа была разработана кандидатом наук Стивеном Флетчером и протестирована доктором Крисом Броснаном и его командой из университетского Альянса Квинсленда по инновациям в области сельского хозяйства и продовольствия в сотрудничестве с группой нематологов Департамента первичной промышленности Австралии (DPI).
Альянс Квинсленда по инновациям в области сельского хозяйства и продовольствия – это научно-исследовательский институт при Университете Квинсленда, созданный при поддержке Департамента первичной промышленности Австралии.
«Идея программного обеспечения заключается в том, что оно проектирует индивидуальную дцРНК для целевого организма, и мы можем использовать ее практически в любых целях во многих проектах. Это будет означать, что у вас не будет нецелевых воздействий, и вы сможете добавить столько нецелевых воздействий, сколько захотите, чтобы их исключили», - рассказал Флетчер.
Доктор Броснан отметил, что РНК-интерференция, запускаемая двухцепочечной РНК, - это механизм, который уже существует для регуляции генов у большинства видов.
«Что мы можем сделать, так это захватить данный существующий механизм с помощью созданной нами двухцепочечной РНК, чтобы воздействовать на любой выбранный нами ген и использовать его для борьбы с патогенами и вредителями. В нашем проверочном исследовании мы использовали три вида нематод, предоставленных группой нематологов DPI, а также нецелевой вид нематод. Программное обеспечение смогло спроектировать одну двухцепочечную РНК, которая могла воздействовать на все три, независимо от количества копий гена, который мы рассматривали, и не оказывать никакого воздействия на нематоду, не находящуюся на цели. Мы физически продемонстрировали, что это программное обеспечение может делать то, что мы обещаем, и именно этим данное исследование выделяется. Мы продолжаем работу, которая является весьма многообещающей», - рассказал доктор Броснан.
Флетчер добавил, что следующим шагом для dsRNAmax станет дальнейшее повышение его эффективности.
«Мы будем использовать машинное обучение для улучшения конструкции и повышения эффективности нашей двухцепочечной РНК на пять-десять процентов, что будет иметь огромное значение для производственной системы. Это также означает, что мы сможем использовать меньше дцРНК, что снизит стоимость. Именно сотрудничество с DPI помогло нам преодолеть эту черту, поскольку без системы проверки мы не смогли бы опубликовать программное обеспечение», - сказал он.
Исследование опубликовано в журнале NAR Genomics and Bioinformatics.
Экспертизу и биологический материал предоставила команда DPI в составе Уэйна О`Нила, Дилана Корнера, Дженни Кобон и Тима Шуи.
Источник: University of Queensland.
На фото - доктор Крис Броснан и Стивен Флетчер в лаборатории UQ. Автор фото: Меган Поуп.
