Начат геномный проект, призванный помочь в борьбе с пищевыми отравлениями 

Реализация проекта по секвенированию генома 100 000 болезнетворных микроорганизмов, позволит ускорить диагностику пищевых отравлений. Основными его исполнителями станут Калифорнийский университет (Девис), Agilent Technologies и Администрация по контролю за продуктами питания и лекарствами США (FDA).

 

Профессор Барт Веймер, работающий в Школе ветеринарной медицины Калифорнийского университета, является директором 100K Genome Project и содиректором недавно созданной лаборатории BGI@UC (Девис), в которой будет проходить секвенирование.

 

Проректор по научной работе Калифорнийского университета Харрис Левин заявил, что реализация проекта станет настоящей революцией в изучении множества болезнетворных микроорганизмов. Усилия ученых будут сосредоточены на наиболее важных видах микроорганизмов, чаще всего вызывающих пищевые отравления в различных уголках Земли. Только в США от пищевых отравлений ежегодно страдает около 48 млн. человек, приблизительно 3 тыс. из них умирают.

 

Основными задачами пятилетнего проекта по изучению микробиологических патогенов являются обеспечение потребителей более безопасными продуктами питания. Группа создаст базу данных с открытым доступом, в которой будет содержаться информация о секвенировании генома огромного количества патогенов. Тут будет сосредоточена информация о геноме важнейших бактерий, вызывающих пищевые отравления, включая сальмонеллу, листерию и кишечную палочку, а также о геноме распространенных вирусов, попадающих в организм с пищей и водой, и вызывающих заболевания человека и животных.

 

Результаты данного проекта станут основой для разработки тестов, позволяющих быстро идентифицировать патогены и определять их происхождение. Ожидается, что эта геномная база также поможет ученым создать новые методы борьбы с болезнетворными бактериями, передающимися по пищевым цепочкам.

 

Вклад FDA в реализацию проекта выражен в передаче результатов полного секвенирования геномов 500 штаммов сальмонелы, и образцов тысяч других важных патогенов, которые могут находиться в продуктах питания, для секвенирования и биоинформатики. Ученые FDA также будут участвовать в разработке методологии проекта и технической помощи, при необходимости.

 

Калифорнийский университет займется координацией работ по секвенированию, для чего будут задействованы возможности недавно созданной лаборатории BGI@UC, также будут использованы образцы из его коллекции образцов бактерий.

 

Участие Agilent Technologies состоит в вовлечении в проект ученых компании, обеспечении оборудованием и частичной финансовой поддержке работы Калифорнийского университета.

 

BGI@UC оборудован новейшим высокопроизводительным оборудованием для быстрого скрининга геномов целевых организмов. Полная расшифровка генома будет произведена для относительно небольшого количества микроорганизмов. Эта информация будет использоваться в качестве опорных позиций. Для основной массы бактерий будет получен "черновой" вариант генома. Полученные данные будут сразу же направляться в открытый доступ. Эта стратегия позволит исследователям идентифицировать гены-биомаркеры, ассоциированные с различными характеристиками патогенов.

 

Расшифрованные геномные последовательности будут храниться в базе данных Национального центра биотехнологической инфомрации Национального института здравоохранения.

 

Источник: SciDev.Net