Вывел ряд высокопродуктивных сортов озимой пшеницы (Кооператорка, Земка, Степнячка), сорт яровой пшеницы (Одесская, 4) и ячменя (сорт № 32). 

Андрей Афанасьевич Сапегин родился в Воскресенске ( Николаевской обл.). Окончил Новороссийский университет в Одессе (1907). В 1910 - 1922 работал там же (с 1917 - профессор), возглавлял (1912 - 1923) Одесскую селекционную станцию, одним из организаторов которой был, в 1919 - 1921 - Одесский сельскохозяйственный институт, в 1933 - 1939 - зам. директора Института генетики АН СССР, в 1940 - 1944 - зав. лабораторией органогенеза института физиологии растений АН СССР, в 1944 -1946 –директор института ботаники АН УССР.

Основные научные работы посвящены биологии, цитологии, генетике, селекции сельскохозяйственных культур. Изучал индивидуальное развитие растений. Разработал теорию органогенеза, основные положения которой вошли как раздел (морфогенез) в методику биологических исследований сельскохозяйственных культур. Применил метод вариационной статистики для оценки точности результатов исследований в биологии и агрономии. Исследовал межвидовые гибриды мягкой и твердой пшениц. Одним из первых в мире применил ионизирующее облучение для получения искусственных мутаций у зерновых культур, а также использовал их в селекции.

Удостоен золотой медали Всесоюзной сельскохозяйственной выставки (1940).